Для цитирования: Кузьменков А.Ю., Трушин И.В., Авраменко А.А., Эйдельштейн М.В., Дехнич А.В., Козлов Р.С. AMRmap: интернет-платформа мониторинга антибиотикорезистентности. // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. – 2017. – Т.19, №2. – С. 84-90.
Виноградова А.Г., Кузьменков А.Ю. Практическое применение AMRmap: элементы подхода «от общего к частному» на примере Klebsiella pneumoniae. // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. – 2019. – Т.21, №2. – С. 181-186. DOI: 10.36488/cmac.2019.2.181-186
AMRmap является результатом интеллектуальной деятельности и охраняется законодательством РФ. Свободное использование данной программы разрешено только в некоммерческих целях с обязательным цитированием публикации, указанной выше. Использование программы в коммерческих целях без согласия правообладателя является незаконным и влечет ответственность, установленную ГК РФ.
База данных AMRmap регулярно пополняется и обновляется в рамках проспективных многоцентовых эпидемиологических исследований антибиотикорезистентности, проводимых НИИ антимикробной химиотерапии (НИИАХ) и Межрегиональной ассоциацией по клинической микробиологии и антимикробной химиотерапии (МАКМАХ). В настоящее время база данных содержит информацию об антибиотикочувствительности более чем 40 тыс. клинических изолятов микроорганизмов, выделенных в 52 городах РФ за 1997-2016 гг., тестирование которых проводилось в центральной лаборатории НИИАХ.
Представленные в платформе данные о генетических детерминантах резистентности и фенотипической чувствительности к антимикробным препаратам Neisseria gonorrhoeae получены в рамках многоцентровых исследований, проводимых Государственным научным центром дерматовенерологии и косметологии (ГНЦДК).
Категории чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам определяются в соответствии с действующими рекомендациями EUCAST и российскими клиническими рекомендациями.
После каждого изменения параметров расположенных выше необходимо нажать кнопку `Отобразить`
Число в каждой ячейке означает процент R изолятов к АМП по столбцу, от общего количества R изолятов к АМП по строке.
Тренд отражает долю R изолятов к АМП2, от общего количества R изолятов к АМП1.
Таблица отржает долю R изолятов к АМП2, от общего количества R изолятов к АМП1.
Число изолятов одновременно устойчивых (R) к выбранным антибиотикам
На этой диаграмме представлены данные о абсолютном количестве изолятов, несущих определенные детерминанты резистентности, которые поступили в центральную лабораторию в рамках проспективного исследования, а также дополнительно для определения генотипов устойчивости. Данные за 2018-2019 гг. находятся в работе.
На этой диаграмме представлены данные о частоте выявления генетических детерминант резистентности среди последовательно выделенных изолятов, сбор и тестирование которых осуществляются в рамках проспективного исслеования. Данные за 2018-2019 гг. находятся в работе.
Согласно полученным данным.
Карбапенемазы (ферменты, расщепляющие карбапенемы)
KPC
KPC (Klebsiella Pneumoniae Carbapenemase) – группа сериновых β-лактамаз молекулярного класса А, функциональной группы 2f. Наличие данных ферментов обуславливает устойчивость к пенициллинам, цефалоспоринам I-V поколений, карбапенемам, азтреонаму.
GES
GES (Guiana extended-spectrum β-lactamase) - группа сериновых β-лактамаз молекулярного класса А. Большинство GES ферментов принадлежат к функциональной группе 2be и обуславливают устойчивость к пенициллинам, цефалоспоринам I-V поколений и азтреонаму. Некоторые производные GES (GES-2, GES-5 и подобные) относятся к функциональной группе 2f и характеризуются наличием мутаций Gly170Ser или Gly170Asn, которые обуславливают дополнительную устойчивость к карбапенемам.
OXA карбапенемазы
OXA карбапенемазы (OXAcillin-hydrolyzing β-lactamase) – сериновые бета-лактамазы молекулярного класса D, функциональной группы 2df. В отличие от OXA пенициллиназ обладают способностью гидролизовать карбапенемы и обуславливают устойчивость к пенициллинам и карбапенемам. Существуют различные группы OXA карбапенемаз: OXA-48 и родственные ферменты (распространены среди энтеробактерий); ферменты групп OXA-23, OXA-24/40 и OXA-58 (распространены в основном у ацинетобактеров).
NDM
NDM (New Delhi Metallo-β-lactamase) – группа металлоферментов (β-лактамаз молекулярного класса B) функциональной группы 3a. Наличие ферментов данной группы обуславливает устойчивость ко всем беталактамам: пенициллинам, цефалоспоринам I-V поколений, карбапенемам, кроме монобактамов (азтреонама).
IMP
IMP (IMiPenemase) – группа металлоферментов (β-лактамаз молекулярного класса B) функциональной группы 3a. Наличие ферментов данной группы обуславливает устойчивость ко всем беталактамам: пенициллинам, цефалоспоринам I-V поколений, карбапенемам, кроме монобактамов (азтреонама).
VIM
VIM (Verona IMipenemase) – группа металлоферментов (β-лактамаз молекулярного класса B) функциональной группы 3a. Наличие ферментов данной группы обуславливает устойчивость ко всем беталактамам: пенициллинам, цефалоспоринам I-V поколений, карбапенемам, кроме монобактамов (азтреонама).
Устойчивость к фторхинолонам
gyrA
Ген gyrA кодирует A-субъединицу ДНК-гиразы (топоизомеразы II). Мутации в определенном участке gyrA (QRDR) связаны с формированием устойчивости к фторхинолонам.
parC
Ген parC кодирует A субъединицу топоизомеразы IV. Мутации в определенном участке parC (QRDR) связаны с формированием устойчивости к фторхинолонам.
Устойчивость к макролидам
Специфические мутации в гене 23S рРНК связаны с формированием устойчивости к макролидам.
p-значение округляется до 4 знака после десятичного разделителя
Команда проекта
Разработка
- Кузьменков Алексей Юрьевич, к.м.н. — Автор Системы и Ведущий Разработчик
- Заместитель Директора НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО «Смоленский государственный медицинский университет» Министерства Здравоохранения Российской Федерации
- Трушин Иван Витальевич — Разработчик
- Младший научный сотрудник НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО «Смоленский государственный медицинский университет» Министерства Здравоохранения Российской Федерации
- Авраменко Андрей Алексеевич — Разработчик
- Младший научный сотрудник НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО «Смоленский государственный медицинский университет» Министерства Здравоохранения Российской Федерации
- Виноградова Алина Геннадьевна — Разработчик
- Научный сотрудник НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО «Смоленский государственный медицинский университет» Министерства Здравоохранения Российской Федерации
Консультанты
- Козлов Роман Сергеевич, профессор, д.м.н.
- Член-корреспондент Российской Академии Наук (РАН)
- Директор НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО «Смоленский государственный медицинский университет» Министерства Здравоохранения Российской Федерации
- Дехнич Андрей Владимирович, к.м.н.
- Заместитель Директора НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО «Смоленский государственный медицинский университет» Министерства Здравоохранения Российской Федерации
- Эйдельштейн Михаил Владимирович, к.б.н.
- Заведующий лабораторией НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО «Смоленский государственный медицинский университет» Министерства Здравоохранения Российской Федерации
О проекте
Название
Онлайн платформа анализа данных резистентности к антимикробным препаратам в России
Версия
2.1 от 14.04.2020
Цель
Анализ и визуализация данных антибиотикорезистентности
Ведущие организации
- Межрегиональная ассоциация по клинической микробиологии и антимикробной химиотерапии (МАКМАХ).
- НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО «Смоленский государственный медицинский университет» Минздрава России.
Публикации
Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. – 2017. – Т.19, №2. – С. 84-90.
Молекулярная биология. – 2017. – Т.51, №3. – С. 431-441.
Контакты
Обновления
2.1, 14.04.2020
- обновлены критерии EUCAST (v.10);
- улучшения производительности.
2.0, 19.03.2019
- возможность создания произвольного набора АМП для отображения в разделе Генетические детерминанты резистентности ---> Антибиотики (все);
- создана таблица в разделе Генетические детерминанты резистентности ---> Антибиотики (все);
- добавлена возможность поиска и анализа ассоциативных правил в разделе Ассоциированная устойчивость ---> Поиск правил;
- найденные ассоциативные правила рассчитываются один раз и хранится до нового обновления базы данных;
- матрица ассоциированной устойчивости рассчитывается один раз и хранится до нового обновления базы данных;
- переработан раздел Микроорганизмы: добавлена возможность анализа для отдельно взятой группы микроорганизмов;
- изменения дизайна.
1.9, 12.03.2019
- улучшена стабильость работы раздела Сравнения;
- добавлена возможность анализа SNP типов Pseudomonas aeruginosa;
- ускорен вызов API snpt.antibiotic.ru;
- ускорена работа подраздела МПК тренд;
- стабильность цветовых схем SNP типов для разных АМП.
1.8, 23.01.2019
- ускорен расчет матрицы ассоциированной устойчивости;
- возможность создания произвольного набора АМП для отображения ассоциированной устойчивости;
- возможность создания произвольного набора АМП для отображения в разделе Антибиотики (все);
- создана таблица в разделе Антибиотики (все);
- система проверяет актуальность созданных ранее ссылок.
1.7, 03.12.2018
- объединены подразделы Гистограмма, Гистограмма + 95%ДИ, Тренды, Произвольная группировка;
- объединены подразделы Карта, Регрессия;
- в рамках одного АМП возможно проводить оценку статистической значимости для произвольной группировки;
- карты по умолчанию отображают количество;
- ускорена работа генератора ссылок;
- часть интерактивных таблиц оптимизирована для работы с памятью браузера.
1.6, 28.11.2018
- графики ТОП 10 вынесены в отдельный раздел;
- график Антибиотики (все) вынесен в отдельный раздел;
- создан раздел Произвольная группировка;
- ускорен расчет ассоциированной устойчивости;
- ускорен расчет регрессии;
- ускорен расчет тренда сравнений;
- улучшения дизайна.
1.5, 09.07.2018
- график МПК раскрашен согласно категориям чувствительности;
- график трендов МПК раскрашен согласно категориям чувствительности;
- график трендов МПК (детерминанты) раскрашен согласно категориям чувствительности;
- ускорен расчет матрицы ассоциированной устойчивости (асинхронный расчет);
- создан график ассоциированной устойчивости МПК;
- внедрена мера ассоциированной устойчивости МПК (Goodman and Kruskal's tau);
- переработан генератор ссылок (не используются сторонние сервисы).
1.4, 13.06.2018
- ускорено построение всех графиков;
- внедрена категория S+I/R;
- пользователям даны большие возможности управления аккаунтом;
- добавлена возможность определения множественной устойчивости.
1.3, 7.05.2018
- в раздел "Генетические детерминанты резистентности" добавлена возможность подробного анализа МПК;
- улучшен генератор ссылок;
- создан генератор QR-кода;
- ускорено построение графика "Антибиотики (все)";
- добавлена информация о распространенности мутаций резистентности среди M. pneumoniae;
- добавлено обучающее видео в раздел "Справка".
1.2, 5.03.2018
- создано API для работы с SNPTAb;
- представление данных МПК в зависимости от SNP типа;
- улучшены графики ТОП 10;
- разработана и реализована концепция параллельных карт.
1.1, 25.01.2018
- ускорена работа фильтров;
- ускорено построение регрессионной кривой;
- улучшено сжатие передаваемого контента;
- добавлена справочная информация о генетических детерминантах резистентности.
1.0, 07.12.2017
- значительно улучшена производительность и стабильность работы;
- улучшена поддержка мобильных устройств;
- создан новый раздел "Сравнения";
- дополнены данные о чувствительности (H. pylori, N. gonorrhoeae);
- обновлен дизайн графиков.
0.9.5 beta, 06.10.2017
- открыт доступ к локальным данным для экспертов;
- улучшена скорость и стабильность работы;
- небольшие изменения главной страницы;
- улучшена поддержка мобильных устройств.
0.9 beta, 28.09.2017
- добавлена возможность сохранять графики;
- добавлена возможность сохранения интерактивных карт.
0.8 beta, 12.09.2017
- создан генератор отчетов docx;
- ускорена загрузка;
- усовершенствован файл хранения сессии.
0.7 beta от 14.07.2017
- разработана система генерации ссылок для воспроизведения результатов анализа;
- улучшена стабильность работы фильтров.
0.6 beta от 14.06.2017
- запущена англоязычная версия;
- улучшена стабильность работы;
- созданы интерактивные матрицы множественных сравнений;
- доработана матрица перекрестной устойчивости;
- создан подраздел "Дерево";
- добавлена возможность просматривать изменения во времени на интерактивной карте;
- разработана система сохранения сессии для воспроизведения результатов анализа.
0.5 beta от 16.04.2017
- расширены картографические возможности;
- ускорена загрузка;
- добавлена возможность получения информации о МПК конкретных изолятов;
- добавлена возможность произвольного агрегирования данных МПК;
- оптимизирован алгоритм фильтрации АМП;
- создан подраздел "Рейтинг".
0.4 beta от 28.03.2017
- улучшена производительность системы;
- обновлен дизайн.
0.3 beta от 10.03.2017
-
создан раздел анализа молекулярных данных:
- разработана карта отображающая генетические маркеры устойчивости;
-
интерактивные графики и таблицы:
- график-пирог генетических маркеров;
- график доли устойчивых изолятов по всем антибиотикам;
- график распределения МПК по выбранному антибиотику;
-
доработан раздел перекрестной устойчивости:
- изменен алгоритм расчета матрицы перекрестной устойчивости;
- изменен алгоритм расчета графа перекрестной устойчивости;
- изменен алгоритм расчета тренда перекрестной устойчивости;
- обновлен дизайн;
- улучшены базовые алгоритмы расчета.
0.2 beta от 16.11.2016
-
расширены возможности картографического отображения:
- добавлена возможность отрисовывать контуры;
- добавлены возможности работы с цветовой палитрой;
-
расширены возможности анализа трендов:
- определение пиков и спадов трендов;
- добавлена возможность анализа графов (расположение в пространстве, выбор узлов, задание размеров узлов, определение центральности узла и количества связей);
-
создан раздел анализа перекрестной резистентности:
- разработана модель графа перекрестной резистентности с дополнительными параметрами (временной период, параметры отображения связей);
- создан дополнительный табличный вывод по построенному графу;
- разработана матрица перекрестной резистентности с дендрограммами;
- разработан тренд перекрестной устойчивости с дополнительным текстовым выводом.
0.1 beta от 01.10.2016
- переработана структура системы;
-
обновлен дизайн:
- создан логотип;
- ликвидирована отдельно существовавшая вкладка Тренды;
- уход от системы дашбордов;
- улучшена поддержка мобильных устройств;
-
добавлена вкладка Справка с подразделами:
- создан подраздел Авторы;
-
создан подраздел Руководство пользователя:
- создано интерактивное руководство пользователя;
- создано руководство пользователя в формате pdf;
- создан подраздел О проекте;
- создан footer;
- разработана система уровней доступа пользователей;
- добавлена возможность выбора ЛПУ;
- разработан и добавлен график Антибиотики ТОП;
- доработки вкладки Гистограмма;
- доработки вкладки Гистограмма + 95% ДИ;
- переработана вкладка Суммарная информация;
- переработана вклада Таблица;
-
оптимизирована работа модуля карты:
- переработано выпадающее меню;
- оптимизирован автофокус;
- переработана система вычисления фильтров;
- улучшена работа генератора отчетов;
- добавлена Google аналитика;
- переработана система расчетов ядерной регрессии;
- переработана система подготовки данных к расчетам;
- создана и внедрена "концепция расчета 95% ДИ" для оценки точности данных;
- оптимизирована загрузка данных;
- оптимизированы вычисления циклов.
Методические основы проекта "Карта антибиотикорезистентности" разработаны в рамках государственного задания (2015 г. № госрегистрации: 115122250001) Министерства здравоохранения Российской Федерации и НЕ ВКЛЮЧАЮТ в себя разработку и реализацию базы данных, программирование алгоритмов анализа и визуализации, разработку веб-приложения, администрирование.
Многоцентровые наблюдательные исследования поддержаны
Поддержка компаний НЕ ВКЛЮЧАЕТ в себя разработку и реализацию базы данных, программирование алгоритмов анализа и визуализации, разработку веб-приложения, администрирование и развитие AMRmap.
2018 год
2017 год
2016 год
