Руководство пользователя

English version

AMRmap - это онлайн платформа анализа данных резистентности к антимикробным препаратам в России, которая содержит набор инструментов для визуализации данных о чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам и распространенности основных генетических детерминант устойчивости к антибиотикам.

Для цитирования: Кузьменков А.Ю., Трушин И.В., Авраменко А.А., Эйдельштейн М.В., Дехнич А.В., Козлов Р.С. AMRmap: интернет-платформа мониторинга антибиотикорезистентности. // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. – 2017. – Т.19, №2. – С. 84-90.
Виноградова А.Г., Кузьменков А.Ю. Практическое применение AMRmap: элементы подхода «от общего к частному» на примере Klebsiella pneumoniae. // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. – 2019. – Т.21, №2. – С. 181-186. DOI: 10.36488/cmac.2019.2.181-186
AMRmap является результатом интеллектуальной деятельности и охраняется законодательством РФ. Свободное использование данной программы разрешено только в некоммерческих целях с обязательным цитированием публикации, указанной выше. Использование программы в коммерческих целях без согласия правообладателя является незаконным и влечет ответственность, установленную ГК РФ.

База данных AMRmap регулярно пополняется и обновляется в рамках проспективных многоцентовых эпидемиологических исследований антибиотикорезистентности, проводимых НИИ антимикробной химиотерапии (НИИАХ) и Межрегиональной ассоциацией по клинической микробиологии и антимикробной химиотерапии (МАКМАХ). В настоящее время база данных содержит информацию об антибиотикочувствительности более чем 40 тыс. клинических изолятов микроорганизмов, выделенных в 52 городах РФ за 1997-2016 гг., тестирование которых проводилось в центральной лаборатории НИИАХ.

Представленные в платформе данные о генетических детерминантах резистентности и фенотипической чувствительности к антимикробным препаратам Neisseria gonorrhoeae получены в рамках многоцентровых исследований, проводимых Государственным научным центром дерматовенерологии и косметологии (ГНЦДК).

Категории чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам определяются в соответствии с действующими рекомендациями EUCAST и российскими клиническими рекомендациями.

Команда проекта

Разработка

Кузьменков Алексей Юрьевич, к.м.н. — Автор Системы и Ведущий Разработчик: Заместитель Директора НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО «Смоленский государственный медицинский университет» Министерства Здравоохранения Российской Федерации

Трушин Иван Витальевич — Разработчик: Младший научный сотрудник НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО «Смоленский государственный медицинский университет» Министерства Здравоохранения Российской Федерации

Авраменко Андрей Алексеевич — Разработчик: Младший научный сотрудник НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО «Смоленский государственный медицинский университет» Министерства Здравоохранения Российской Федерации

Виноградова Алина Геннадьевна — Разработчик: Научный сотрудник НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО «Смоленский государственный медицинский университет» Министерства Здравоохранения Российской Федерации

Консультанты

Козлов Роман Сергеевич, профессор, д.м.н.: Член-корреспондент Российской Академии Наук (РАН); Директор НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО «Смоленский государственный медицинский университет» Министерства Здравоохранения Российской Федерации

Дехнич Андрей Владимирович, к.м.н.: Заместитель Директора НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО «Смоленский государственный медицинский университет» Министерства Здравоохранения Российской Федерации

Эйдельштейн Михаил Владимирович, к.б.н.: Заведующий лабораторией НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО «Смоленский государственный медицинский университет» Министерства Здравоохранения Российской Федерации

О проекте

Название

Онлайн платформа анализа данных резистентности к антимикробным препаратам в России

Версия

2.0 от 19.03.2019

Цель

Анализ и визуализация данных антибиотикорезистентности

Ведущие организации

Межрегиональная ассоциация по клинической микробиологии и антимикробной химиотерапии (МАКМАХ).
НИИ антимикробной химиотерапии ФГБОУ ВО «Смоленский государственный медицинский университет» Минздрава России.

Публикации

Постер ECCMID 2017

Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. – 2017. – Т.19, №2. – С. 84-90.

Молекулярная биология. – 2017. – Т.51, №3. – С. 431-441.

Контакты

Кузьменков А.Ю.

Обновления

2.0, 19.03.2019

возможность создания произвольного набора АМП для отображения в разделе Генетические детерминанты резистентности ---> Антибиотики (все);
создана таблица в разделе Генетические детерминанты резистентности ---> Антибиотики (все);
добавлена возможность поиска и анализа ассоциативных правил в разделе Ассоциированная устойчивость ---> Поиск правил;
найденные ассоциативные правила рассчитываются один раз и хранится до нового обновления базы данных;
матрица ассоциированной устойчивости рассчитывается один раз и хранится до нового обновления базы данных;
переработан раздел Микроорганизмы: добавлена возможность анализа для отдельно взятой группы микроорганизмов;
изменения дизайна.

1.9, 12.03.2019

улучшена стабильость работы раздела Сравнения;
добавлена возможность анализа SNP типов Pseudomonas aeruginosa;
ускорен вызов API snpt.antibiotic.ru;
ускорена работа подраздела МПК тренд;
стабильность цветовых схем SNP типов для разных АМП.

1.8, 23.01.2019

ускорен расчет матрицы ассоциированной устойчивости;
возможность создания произвольного набора АМП для отображения ассоциированной устойчивости;
возможность создания произвольного набора АМП для отображения в разделе Антибиотики (все);
создана таблица в разделе Антибиотики (все);
система проверяет актуальность созданных ранее ссылок.

1.7, 03.12.2018

объединены подразделы Гистограмма, Гистограмма + 95%ДИ, Тренды, Произвольная группировка;
объединены подразделы Карта, Регрессия;
в рамках одного АМП возможно проводить оценку статистической значимости для произвольной группировки;
карты по умолчанию отображают количество;
ускорена работа генератора ссылок;
часть интерактивных таблиц оптимизирована для работы с памятью браузера.

1.6, 28.11.2018

графики ТОП 10 вынесены в отдельный раздел;
график Антибиотики (все) вынесен в отдельный раздел;
создан раздел Произвольная группировка;
ускорен расчет ассоциированной устойчивости;
ускорен расчет регрессии;
ускорен расчет тренда сравнений;
улучшения дизайна.

1.5, 09.07.2018

график МПК раскрашен согласно категориям чувствительности;
график трендов МПК раскрашен согласно категориям чувствительности;
график трендов МПК (детерминанты) раскрашен согласно категориям чувствительности;
ускорен расчет матрицы ассоциированной устойчивости (асинхронный расчет);
создан график ассоциированной устойчивости МПК;
внедрена мера ассоциированной устойчивости МПК (Goodman and Kruskal's tau);
переработан генератор ссылок (не используются сторонние сервисы).

1.4, 13.06.2018

ускорено построение всех графиков;
внедрена категория S+I/R;
пользователям даны большие возможности управления аккаунтом;
добавлена возможность определения множественной устойчивости.

1.3, 7.05.2018

в раздел "Генетические детерминанты резистентности" добавлена возможность подробного анализа МПК;
улучшен генератор ссылок;
создан генератор QR-кода;
ускорено построение графика "Антибиотики (все)";
добавлена информация о распространенности мутаций резистентности среди M. pneumoniae;
добавлено обучающее видео в раздел "Справка".

1.2, 5.03.2018

создано API для работы с SNPTAb;
представление данных МПК в зависимости от SNP типа;
улучшены графики ТОП 10;
разработана и реализована концепция параллельных карт.

1.1, 25.01.2018

ускорена работа фильтров;
ускорено построение регрессионной кривой;
улучшено сжатие передаваемого контента;
добавлена справочная информация о генетических детерминантах резистентности.

1.0, 07.12.2017

значительно улучшена производительность и стабильность работы;
улучшена поддержка мобильных устройств;
создан новый раздел "Сравнения";
дополнены данные о чувствительности (H. pylori, N. gonorrhoeae);
обновлен дизайн графиков.

0.9.5 beta, 06.10.2017

открыт доступ к локальным данным для экспертов;
улучшена скорость и стабильность работы;
небольшие изменения главной страницы;
улучшена поддержка мобильных устройств.

0.9 beta, 28.09.2017

добавлена возможность сохранять графики;
добавлена возможность сохранения интерактивных карт.

0.8 beta, 12.09.2017

создан генератор отчетов docx;
ускорена загрузка;
усовершенствован файл хранения сессии.

0.7 beta от 14.07.2017

разработана система генерации ссылок для воспроизведения результатов анализа;
улучшена стабильность работы фильтров.

0.6 beta от 14.06.2017

запущена англоязычная версия;
улучшена стабильность работы;
созданы интерактивные матрицы множественных сравнений;
доработана матрица перекрестной устойчивости;
создан подраздел "Дерево";
добавлена возможность просматривать изменения во времени на интерактивной карте;
разработана система сохранения сессии для воспроизведения результатов анализа.

0.5 beta от 16.04.2017

расширены картографические возможности;
ускорена загрузка;
добавлена возможность получения информации о МПК конкретных изолятов;
добавлена возможность произвольного агрегирования данных МПК;
оптимизирован алгоритм фильтрации АМП;
создан подраздел "Рейтинг".

0.4 beta от 28.03.2017

улучшена производительность системы;
обновлен дизайн.

0.3 beta от 10.03.2017

создан раздел анализа молекулярных данных:
- разработана карта отображающая генетические маркеры устойчивости;
- интерактивные графики и таблицы:
  - график-пирог генетических маркеров;
  - график доли устойчивых изолятов по всем антибиотикам;
  - график распределения МПК по выбранному антибиотику;
доработан раздел перекрестной устойчивости:
- изменен алгоритм расчета матрицы перекрестной устойчивости;
- изменен алгоритм расчета графа перекрестной устойчивости;
- изменен алгоритм расчета тренда перекрестной устойчивости;
обновлен дизайн;
улучшены базовые алгоритмы расчета.

0.2 beta от 16.11.2016

расширены возможности картографического отображения:
- добавлена возможность отрисовывать контуры;
- добавлены возможности работы с цветовой палитрой;
расширены возможности анализа трендов:
- определение пиков и спадов трендов;
- добавлена возможность анализа графов (расположение в пространстве, выбор узлов, задание размеров узлов, определение центральности узла и количества связей);
создан раздел анализа перекрестной резистентности:
- разработана модель графа перекрестной резистентности с дополнительными параметрами (временной период, параметры отображения связей);
- создан дополнительный табличный вывод по построенному графу;
- разработана матрица перекрестной резистентности с дендрограммами;
- разработан тренд перекрестной устойчивости с дополнительным текстовым выводом.

0.1 beta от 01.10.2016

переработана структура системы;
обновлен дизайн:
- создан логотип;
- ликвидирована отдельно существовавшая вкладка Тренды;
- уход от системы дашбордов;
улучшена поддержка мобильных устройств;
добавлена вкладка Справка с подразделами:
- создан подраздел Авторы;
- создан подраздел Руководство пользователя:
  - создано интерактивное руководство пользователя;
  - создано руководство пользователя в формате pdf;
создан подраздел О проекте;
создан footer;
разработана система уровней доступа пользователей;
добавлена возможность выбора ЛПУ;
разработан и добавлен график Антибиотики ТОП;
доработки вкладки Гистограмма;
доработки вкладки Гистограмма + 95% ДИ;
переработана вкладка Суммарная информация;
переработана вклада Таблица;
оптимизирована работа модуля карты:
- переработано выпадающее меню;
- оптимизирован автофокус;
переработана система вычисления фильтров;
улучшена работа генератора отчетов;
добавлена Google аналитика;
переработана система расчетов ядерной регрессии;
переработана система подготовки данных к расчетам;
создана и внедрена "концепция расчета 95% ДИ" для оценки точности данных;
оптимизирована загрузка данных;
оптимизированы вычисления циклов.

Методические основы проекта "Карта антибиотикорезистентности" разработаны в рамках государственного задания (2015 г. № госрегистрации: 115122250001) Министерства здравоохранения Российской Федерации и НЕ ВКЛЮЧАЮТ в себя разработку и реализацию базы данных, программирование алгоритмов анализа и визуализации, разработку веб-приложения, администрирование.

Многоцентровые наблюдательные исследования поддержаны

Поддержка компаний НЕ ВКЛЮЧАЕТ в себя разработку и реализацию базы данных, программирование алгоритмов анализа и визуализации, разработку веб-приложения, администрирование и развитие AMRmap.

Руководство пользователя

Карбапенемазы (ферменты, расщепляющие карбапенемы)

KPC

GES

OXA карбапенемазы

NDM

IMP

VIM

Устойчивость к фторхинолонам

gyrA

parC

Устойчивость к макролидам